噬菌体诱导染色体群岛(PICI)

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Phage-induced染色体群岛(PICI)是一个家庭的移动细菌染色体上发现的元素。可以诱导PICIs噬菌体染色体和滚环复制。曾经被劫持噬菌体衣壳,打包成small-headed噬菌体PICIs将国际米兰——或者intra-species高频。PICI最初发现的金黄色葡萄球菌致病性岛在研究中毒性休克综合症(摩尔Microbiol。1998)除非2015 Penades jr等这些元素PICIs命名(为微生物学报。2015)
多个字段可以通过PICI研究中受益。首先,它可以用来发现噬菌体与基因发现PICI因为这些基因允许PICIs抵御phage-invading细菌。其次,基因与噬菌体也为PICI的应用奠定了基础。stl基因在PICI可以用作分子开关,而PICI CRISPR-Cas本身可以作为一个向量。第三,可以作为移动元素携带毒力基因传送PICI (sek, seq等)和抗性基因(fusB、fhuD等),导致增加细菌的致病性和耐药性。第四,PICI传播其他元素,如不可转让的质粒,以及self-spread。

数据库的介绍

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PICIfinder web服务器支持常见的web浏览器(Mozilla Firefox, Google Chrome和边缘)和功能一个用户友好的界面,它是免费的,不需要登录或注册。第一,用户可以上传完整细菌基因组或片段序列FASTA格式上传,提交一个序列时,预测PICIs可以在大约3分钟完成序列大小小于5 mb,和一个更长的基因组,运行时间将延长到大约10分钟。由于短运行时,用户不需要提供电子邮件地址,我们将提供一个独特的工作为用户id和URL。通过这个URL,用户可以观察程序运行状态在线和最终结果信息。PICI第二,为了方便研究,我们收集了9535从NCBI革兰氏阳性细菌的基因组,并确定了3124 PICI序列PICIfinder,我们提供不同的方式来浏览和搜索,此外,所有的数据都可以免费下载。有关更多信息,请参阅本教程页面如何使用。